Сиро Эмия, юный сирота, лишившийся родителей в необъяснимом пожаре, находит утешение в идеалах своего приемного отца, Кирицугу Эмии, магического мастера, мечтающего стать "Героем справедливости". Сиро тоже желает посвятить свою жизнь помощи людям и умоляет Кирицугу научить его магическому искусству. Однако оказывается, что он бездарен в магии.

Однажды Сиро становится свидетелем сражения между двумя могущественными магами. В попытке защитить свою жизнь, он непреднамеренно вызывает на помощь девушку в сияющих латах. Так Сиро узнает о "Войне за Святой Грааль" - смертельном конфликте между семью магами, которые вызывают могущественных героических духов - "Слуг" - для сражений за владение реликвией, исполняющей желания, Святым Граалем.

Сиро оказывается втянутым в эту войну, хотя и не желает участвовать в ней. Он должен сделать выбор: следовать своей мечте о справедливости и защищать невинных или отказаться от своих идеалов ради собственного спасения.