"Домашняя подружка" - это аниме-романтика, которая исследует темы любви, семьи и взросления через историю Нацуо Фудзии, старшеклассника, оказавшегося в любовном треугольнике со своими сводными сестрами.

Нацуо влюблен в свою учительницу, Хину Тачибану, но понимает, что их отношения невозможны. Чтобы справиться со своими чувствами, он отправляется на групповое свидание, где встречает Руи Такано, которая предлагает ему заняться с ней сексом без обязательств. Нацуо соглашается, видя в этом шанс забыть о Хине.

Но его жизнь переворачивается с ног на голову, когда он узнает, что Руи - его новая сводная сестра по маме, а Хина - его сводная сестра по отцу. Теперь Нацуо живет в одном доме с двумя девушками, к которым он испытывает чувства.

Ситуация еще больше усложняется из-за прошлого Руи. Она признается Нацуо, что ее предложение заняться сексом было вызвано тем, что она пыталась преодолеть детскую травму. Нацуо понимает, что его чувства к Руи становятся глубже, и он хочет помочь ей исцелиться.

Однако отношения Нацуо с обеими сводными сестрами сталкиваются с многочисленными препятствиями. Семья и друзья осуждают его выбор, а культурные нормы и социальные ожидания создают дополнительное давление. Нацуо должен найти в себе силы следовать своему сердцу и преодолеть все преграды, чтобы построить отношения с девушкой, которую он действительно любит.