Аниме-сериал «Непорочная Мария» переносит зрителей во Францию времен Столетней войны, где свирепствует жестокий конфликт между Англией и Францией. На фоне этого хаоса возникает история Марии, молодой женщины, обладающей сильными магическими способностями.

Мария ненавидит войну и ее разрушительное воздействие на человеческую жизнь. Используя свою магию, она вмешивается в битвы, предотвращая кровопролитие. Однако ее действия привлекают внимание небес, и Архангел Михаил выносит ей приговор, согласно которому она потеряет свои магические силы, если потеряет девственность.

Для наблюдения за Марией и обеспечения того, чтобы она не использовала свою магию на глазах у людей, был назначен прекрасный ангел по имени Иезекииль. Иезекииль, будучи свидетелем доброты и сострадания Марии, начинает сомневаться в правомерности приговора и вступает в конфликт с собственным небесным руководством.

Помимо Иезекииля, Марию сопровождают ее верные соратники: Артемида, суккуб, и Приап, инкуб. Вместе они путешествуют по охваченной войной Франции, помогая нуждающимся и выступая против несправедливости и жестокости.

Однако с приближением конца войны Мария оказывается перед трудным выбором. Против нее выступают могущественные силы, и она должна решить, что для нее важнее: ее собственная безопасность или судьба ее страны.