Спустя два года после событий первого сезона, когда карты с Бакуганами обрушились на Землю, Дэн Кузо и его верные друзья наслаждаются заслуженным отдыхом. Но их мирная жизнь недолговечна. Однажды перед Дэном неожиданно открывается портал, из которого появляется его верный напарник Драго.

Драго прибывает с тревожными новостями: Новая Вестроя, родной мир Бакуганов, захвачен вексами — инопланетными захватчиками. Он умоляет Дэна помочь ему спасти Новую Вестрою и его жителей. Не колеблясь, Дэн, вслед за которым отправляется его лучший друг Маручо, бросается на помощь.

По прибытии на Новую Вестрою Дэн и Маручо знакомятся с бойцами Фронта освобождения Бакуган: Мирой, Эйсом и Бэйроном. Объединившись, они начинают противостояние сильнейшим воинам среди вестов. Вексы обладают невероятной мощью и передовыми технологиями, но «Отчаянные бойцы» не готовы сдаваться.

В ходе своего приключения герои сталкиваются с множеством опасностей, испытаний и открытий. Они узнают больше о себе, о своих Бакуганах и о силе дружбы. Им придется сражаться с вексами, раскрыть тайны Новой Вестрои и в конечном итоге определить судьбу всего мира Бакуганов.