После окончания войны с Гандэлией мир вернулся в Бакуган Интерспейс. Но мир этот оказался недолгим. Спустя год Дэн Кузо начинает видеть тревожные сны о загадочном МагМелле, который претендует на Бакуган Интерспейс.

В то же время Драго, партнер Дэна, испытывает трудности с контролем своей силы после недавней эволюции. В результате он невольно призывает таинственного мектогана по имени Зентон. Зентон обладает невероятной мощью, но также таит в себе темную тайну, связанную с мектаниумом, могущественным металлом, способным управлять силой Бакуганов.

В то время как Дэн и его друзья пытаются разгадать секреты мектаниума, в Бакуган Интерспейс появляются новые звезды — Анубиас и Селлон. Это талантливые бойцы, стремящиеся бросить вызов Дэну и занять его место сильнейшего.