«Почему-то в моём доме поселилась куноичи-отаку» — это комедийный и сверхъестественный аниме-сериал, в котором рассказывается о Цукасе Ацуми, успешном бизнесмене, который становится целью нападений демонов. Чтобы защитить себя, он нанимает телохранителя, которым становится Шизури Идэура, очаровательная и невероятно умелая куноичи с глубокими познаниями в сверхъестественном.

Несмотря на свою серьезную профессию, Шизури также является заядлой отаку, которая проводит свободное время за видеоиграми и не намерена отказываться от своих увлечений. Цукаса, хотя и удивлен эксцентричностью своей новой телохранительницы, вскоре понимает, что ее причуды не мешают ей быть эффективной в своей работе.

Более того, Цукаса создает для Шизури все условия, чтобы она чувствовала себя как дома, совмещая свои увлечения с обязанностями телохранителя. Такая щедрость не остается незамеченной, и вскоре другие куноичи, узнав о комфортабельных условиях работы, присоединяются к Шизури, превращая дом Цукасы в настоящий элитный штаб.

По мере развития событий Цукаса и Шизури начинают лучше понимать друг друга, налаживая необычную, но крепкую связь. Вместе они столкнутся с многочисленными угрозами и трудностями, включая нападения демонов, соперничество между куноичи и даже собственные тайны и травмы.