Миюки Сироганэ и Кагуя Синомия, два гения академии Сютин, продолжают вести свою любовную войну, не признавая своих чувств друг к другу. Но с приближением окончания учебного года, они оба осознают, что скоро им придется расстаться, так как будут поступать в разные классы. К тому же, на горизонте возникает новый соперник на должность президента студсовета, который может разлучить их окончательно.

Миюки и Кагуя понимают, что им нужно действовать быстрее и решить свои проблемы, прежде чем будет слишком поздно. Но каждый новый план одного из них сразу же разрушается другим, и они понимают, что им нужно работать вместе, а не против друг друга.

В то же время, их друзья и окружающие не подозревают о настоящих чувствах Миюки и Кагуи, и продолжают считать их идеальной парой. Но на самом деле, за маской сильных и уверенных в себе студентов, скрываются два молодых человека, которые страдают из-за своей гордости и страха быть отвергнутыми.

Но в конце концов, Миюки и Кагуя понимают, что любовь не нуждается в играх и соревнованиях, она просто есть и надо только открыть свое сердце, чтобы ее увидеть. И они решают объединить свои усилия и победить в этой любовной войне. Кто же наконец выйдет победителем и получит признание от другого? И смогут ли они сохранить свои отношения, когда будут разлучены по разным классам? Все это вы узнаете в продолжении аниме "Госпожа Кагуя: в любви как на войне 2".