Аниме "Ниндзя Камуи" начинается с таинственной волны серийных убийств по всей территории США, характеризующихся крайней жестокостью и профессионализмом. Сара Логан вместе с мужем Джо живут на ферме вдали от городской суеты, но их мир рушится, когда ниндзя нападают на их дом, уничтожая всю семью, кроме Джо.

Оказавшись в морге, Джо воскресает из мертвых, оставшись без всех близких и исчезнувших надежд. Он обнаруживает, что его прошлое связано с кланом ниндзя, из которого он бежал, и теперь его жизнь определена лишь одним стремлением – местью. Джо решает принять свое новое бытие как "Ниндзя Камуи" и отправляется на путь мести, чтобы найти и уничтожить тех, кто уничтожил его семью. Аниме представляет захватывающую историю о борьбе, мести, и внутреннем преображении главного героя в ниндзю, который стремится выяснить правду и достичь своей цели в мире жестокости и интриг.