Аниме "Шарлотта" рассказывает о Ю Отосаке, молодом парне, который обретает сверхъестественную способность владения телами других на 5 секунд. Он использует этот подарок для списывания на экзаменах, за что успешно заканчивает среднюю школу и поступает в престижную старшую. Его задача - обеспечить хорошее будущее себе и младшей сестре. Ю становится эгоистичным и уверенным в своей уникальности, смотря на всех вокруг как на идиотов.

Однако его уверенность оказывается под угрозой, когда он встречает Нао Томори, девушку с хитрым умом, которая безжалостно разрушает его самомнение, утверждая, что способности, подобные его, совсем не уникальны и что он не единственный «трюкач» на свете. Вместе с Нао Уши начинает исследовать свои возможности и способности, сталкиваясь с непредвиденными последствиями использования сверхспособностей и открывая для себя мир паранормальных явлений.