В аниме "Класс убийц" сюжет развивается в мире, где 70% Луны было уничтожено загадочным существом, угрожающим уничтожить и Землю. Мировой конгресс не смог справиться с этим угрозой, и задача по уничтожению существа переходит на японских школьников из класса 3-E. Их цель - убить своего учителя, которым оказывается это монстр.

Ученики класса 3-E, обычные неудачники в обучении, сталкиваются с невероятным испытанием - победить опасного противника, обладающего сверхъестественными способностями. Весь класс теперь должен объединить свои усилия, чтобы найти способы убийства существа, способного противостоять всему, что известно человечеству.