"Пираты «Чёрной лагуны»: Второй залп" раскрывает историю Рока, бывшего скованным работой служащего, который стал частью компании-пиратов "Лагуна" после похищения во время бизнес-поездки. Теперь он, известный как Рок, вынужден выживать среди криминального мира Роанапуры, сталкиваясь с непредсказуемыми бандитами и опасностями, особенно с Реви, известной как Двурукая.

Второй сезон аниме углубляется в конфликт японских преступных кланов, борющихся за власть и влияние в мире теневых структур, а также вводит в эту борьбу третью силу — мощную преступную группировку "Отель Москва" из России. В этой схватке за власть, Рок оказывается замешанным в сложные политические интриги и соперничества, где каждый ход может быть решающим для его выживания и успеха в мире, где правят преступники и наемники. Став частью этого мрачного мира, Рок вынужден адаптироваться, выживать и принимать сложные решения, которые будут определять его будущее и место среди зловещих фигур теневой структуры Роанапуры.