В аниме "Манускрипт ниндзя: Новая глава" Дзюбэй Кибагами, опытный наёмник, продолжает свои странствия по Японии после прошествия четырнадцати лет с победы над бессмертным воином Гэммой Химуро и падения Генерала Тьмы. Его путь пересекается с Сигурэ, жрицей храма, которая никогда не покидала свою деревню. Однако когда демоны атакуют деревню, убивая всех ее обитателей, Дзюбэй становится их главной целью из-за таинственного Драконьего Жемчуга, который он несет с собой.

В это время Сигурэ, сопровождаемая монахом Дакуаном и юным вором Цубутэ, отправляется в деревню Ягю. Но там их ждут опасности: два демонских клана жаждут уничтожить Сигурэ и захватить Драконий Жемчуг. Для защиты Жрицы Света Дакуану придется обратиться за помощью к Дзюбэю, чтобы объединить усилия и противостоять силам зла, угрожающим деревне и всем их жизням.

Аниме "Манускрипт ниндзя: Новая глава" излагает захватывающий рассказ о борьбе с демоническим влиянием, дружбе, искренности и мужестве, показывая, как разнообразные персонажи сталкиваются с опасностями и испытаниями, формируя союз в борьбе за свет и добро против сил тьмы и разрушения.