"Подземелье Токио" – это захватывающая история о Сетсуне, молодом человеке, мечтающем покорить мир боевых искусств. Он полон решимости стать непобедимым мастером и готов посвятить этому всю свою жизнь. После окончания средней школы он поступает в старшее учебное заведение, надеясь начать новую главу в своей жизни. Но судьба преподносит ему неприятный сюрприз.

В результате драки на территории школы, Сетсун оказывается отвергнутым сверстниками. Его репутация падает, и он сталкивается с недоверием и осуждением. Это становится серьезным препятствием для нормального общения со сверстниками, и он чувствует себя изолированным.

Возвращаясь домой после неприятного инцидента в школе, Сетсун замечает в своей квартире очаровательных девушек, которых никогда раньше не видел. После недолгого разговора он узнает, что они — жительницы подземелья Токио, бегущие от преследователей.

Девушкам, которых зовут Рика и Юки, некуда идти, и единственным убежищем для них становится квартира Сетсуна. Он принимает их под свою защиту, но его жизнь кардинально меняется.

С появлением Рики и Юки, Сетсуну приходится столкнуться с совершенно новой реальностью. Он узнает о существовании подземелья Токио, о его обитателях и их тайнах. Вместе с Рики и Юки, Сетсун оказывается втянут в опасные приключения, где ему приходится защищать своих новых друзей от преследователей.

В процессе борьбы за выживание, Сетсун начинает по-новому смотреть на мир. Он понимает, что настоящая сила не всегда проявляется в физических способностях, а дружба и взаимопомощь могут стать важнейшими факторами в борьбе за будущее.