"Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона" - это кульминация и альтернативный финал легендарного аниме "Евангелион нового поколения", который погружает зрителя в сложные и противоречивые темы человеческого существования, самопожертвования и индивидуальности. Фильм был создан для того, чтобы дать более полное и удовлетворительное завершение противоречивым последним эпизодам оригинального сериала.

После победы над последним Ангелом, у Nerv остаётся единственный враг - секретная организация Seele, которая стремится к созданию идеального мира, уничтожив человечество, как его знает. В этот момент, главный герой, Синдзи Икари, впадает в глубокую депрессию, не в силах справиться с произошедшими событиями и своим местом в мире. Он разрывается между желанием жить и страхом перед человечеством, перед своей собственной индивидуальностью.

Параллельно, Гэндо Икари, отец Синдзи и командующий Nerv, преследует свои собственные цели. Он планирует использовать Рей Аянами, клонированную версию Евы, и древнюю божественную сущность Лилит, для запуска "Проекта совершенствования человечества", который должен уничтожить человечество и создать новый, более совершенный мир.

"Конец Евангелиона" - это фильм о выборе, о принятии собственной личности и роли в мире. Синдзи, находясь на грани самоуничтожения, должен сделать решающий шаг: полностью принять существование человечества или отказаться от него, растворившись в коллективном бессознательном.